Valkyria Chronicles diatur di benua fiktif yang mengingatkan pada Eropa tahun 1930-an. Benua yang disebut Europa, terbagi menjadi dua kekuatan utama: Imperial Empire, sebuah monarki di timur, dan aliansi demokrasi yang disebut Federasi di barat. Di dunia ini, ada sumber yang sangat penting yang disebut ragnite; Penggunaannya berkisar dari memicu senjata perang untuk digunakan dalam perawatan medis. Karena ragnite adalah sumber yang sangat penting, Federasi dan Kekaisaran terus-menerus berperang satu sama lain untuk itu. Kisah ini terjadi di negara netral Gallia, yang dikenal dengan cadangan ragnite yang melimpah, ketika Kekaisaran memutuskan untuk menyerang dan merebut ragnite untuk diri mereka sendiri. Ceritanya mengikuti Welkin, anak seorang mantan pahlawan perang; Isara, kakak angkat Welkin Darcsen; dan Alicia, seorang anggota jam kota Bruhl, saat mereka melawan Imperials di kelompok milisi Gallian, Squad 7.Squad 7 berjuang untuk mendapatkan kembali rumah dan mata pencaharian mereka dengan Welkin sebagai pemimpin regu dan komandan tank Edelweiss; Alicia sebagai pramuka; Isara sebagai pilot Edelweiss, dan beragam individu yang penuh warna.