Mobile Suit Gundam 00 Musim Kedua dimulai empat tahun setelah Pasukan Perserikatan Bangsa-Bangsa akhirnya bisa mengklaim kemenangan melawan Celestial Being. Untuk mencegah peristiwa semacam itu berulang, sebuah organisasi militer independen yang disebut Pasukan Perdamaian Damai, atau A-Laws, dibentuk untuk menjaga agar Tentara ESF dan organisasi kuat lainnya diawasi. Dibebankan dengan tugas untuk menghilangkan kelompok teroris dan perlawanan serta menyatukan bangsa-bangsa di dunia untuk kepentingan semua umat manusia, A-Laws tampaknya merupakan solusi terbaik bagi orang-orang di dunia. Tidak diketahui publik, A- Hukum dengan cepat mulai menyalahgunakan kekuasaan mereka. Masyarakat di seluruh dunia dan di luar angkasa segera menemukan diri mereka dilucuti dari kebebasan dan dipaksa untuk tinggal di bawah doktrin yang ditegakkan A-Laws semua atas nama “kesatuan” dan “perdamaian”. Sadar akan penyalahgunaan kekuasaan A-Law, Celestial Being muncul kembali dengan maksud untuk menghentikan Undang-undang A dan memperbaiki kesalahan masa lalu mereka. Apa yang tidak diketahui kedua kelompok ini adalah organisasi ketiga, Innovator, yang bersembunyi dalam bayang-bayang, memanipulasi peristiwa untuk membentuk kembali umat manusia ke dalam citra mereka sendiri.